Paper phân tích gộp về phẫu thuật dị tật hậu môn trực tràng một thì so với nhiều thì của mình đang review tại Pediatric Surgery International. Phần literature search + screen có 200 paper short-list, 32 paper qualify cho quantitative synthesis. Cả phase đó mình mất 2 ngày, không phải 2 tuần như cách cũ.
Difference chính: Zotero làm storage + metadata, Claude Project làm reasoning + extract. 2 tool sync, mỗi tool 1 vai trò rõ. Không phải 1 mega-tool magic.
Bài này mô tả workflow cụ thể, copy được. Skip phần marketing — đây là pipeline mình dùng thật cho 1 paper Q2.
Setup — Zotero + Claude Project
Zotero:
- Zotero 7 (free) + plugin "Better BibTeX" cho citation key clean
- Browser extension Zotero Connector — capture paper từ PubMed/Google Scholar 1 click
- Cloud sync (free 300MB, đủ ~500 PDF) hoặc upgrade $20/năm cho 6GB
Claude Project:
- 1 Project per topic. Paper phân tích gộp = 1 Project, dự án đánh giá video phẫu thuật = 1 Project khác. Không trộn.
- Upload PDF batch — Claude Project nhận tối đa ~50 PDF per project (free tier 5, Pro 25, Max ~50).
- Mỗi project có "instructions" — mình paste research question + inclusion/exclusion criteria + voice mình muốn output.
Sync:
- Zotero export folder → Claude Project upload. Manual mỗi 50 paper, không phải auto realtime. OK với mình vì batch screening 1-2 lần/tuần.
Step 1: Literature search — Zotero capture
PubMed search: "anorectal malformation AND staged AND meta-analysis NOT animal" → 247 hit. Mình filter:
- Year 2010-2026
- Human study
- English/Vietnamese (Vietnamese từ Tạp chí Y học VN)
- Peer-reviewed (exclude conference abstract trừ khi có full text)
Còn 89 hit. Mỗi cái 1 click Zotero Connector → import metadata + PDF (60% paper Vinmec subscribed, 40% mình email author hoặc dùng InterLibrary Loan).
Plus snowball: bibliography của 5 review paper key → thêm 67 paper unique chưa hit search. Tổng pool 156 paper.
Step 2: Title + abstract screen — Claude Project
Upload 50 PDF batch vào Claude Project của paper phân tích gộp. Instructions paste:
You are screening papers for a meta-analysis about ARM staged vs single-stage repair outcomes.
Inclusion: pediatric (≤18yo), report continence outcome, sample n≥20.
Exclusion: case report (n<10), animal study, surgical technique paper without outcome.
For each paper I upload, return:
- INCLUDE / EXCLUDE / UNCLEAR
- 1 reason (≤15 từ)
- If INCLUDE: extract sample size, follow-up duration, primary outcome metric
Claude screen 50 PDF trong ~15 phút (Project có context full text). Mình verify random 10/50 — match decision của mình 9/10. Disagreement 1: Claude include paper n=22 nhưng follow-up 6 tháng (mình muốn ≥1 năm). Note trong SOP: thêm rule "follow-up ≥12 months" vào instructions.
Sau 4 batch (200 paper), mình có:
- 78 INCLUDE
- 92 EXCLUDE
- 30 UNCLEAR (full text needed)
UNCLEAR pile mình đọc full → 12 INCLUDE thêm + 18 EXCLUDE. Total 90 INCLUDE.
Step 3: Quality assessment — Cochrane RoB 2 prompt
Per paper INCLUDE, mình apply Risk of Bias 2 (RoB 2) tool. Prompt:
Assess this RCT/cohort using Cochrane RoB 2 domains:
1. Bias arising from randomization
2. Bias due to deviations from intended intervention
3. Bias due to missing outcome data
4. Bias in measurement of outcome
5. Bias in selection of reported result
For each domain: LOW / SOME CONCERNS / HIGH + 1 sentence justification.
Final: overall judgment.
Claude gen RoB cho 90 paper trong ~3 giờ. Mình verify 20% random — match 17/18 domains. 2 disagreement nhỏ về domain 2 (deviations) — mình edit final.
Sau RoB: 32 paper LOW/SOME CONCERNS qualify cho quantitative synthesis. 58 paper HIGH RISK → dùng narrative chỉ.
Step 4: Data extraction — Prompt 5 từ template
Cho 32 qualifying paper, dùng prompt extract Table 2 thành CSV (mình mô tả trong 5 prompt Claude mình dùng hằng ngày khi đọc paper).
Output CSV import vào R metafor:
library(metafor)
dat <- read.csv("arm2_extracted.csv")
res <- rma(yi=continence_rate, sei=se, data=dat, method="REML")
forest(res)
Forest plot + funnel plot 1 lệnh. Figure final của paper phân tích gộp đẹp publication-ready, không cần edit.
Time saved
| Phase | Cách cũ (manual) | Workflow này | Save |
|---|---|---|---|
| Literature search + import | 4 giờ | 4 giờ | 0 (Zotero không AI) |
| Title/abstract screen 200 paper | 25 giờ (7 phút/paper) | 6 giờ (Claude batch) | 19 giờ |
| RoB assessment 90 paper | 30 giờ | 8 giờ | 22 giờ |
| Data extraction 32 paper | 16 giờ | 4 giờ | 12 giờ |
| Total | 75 giờ | 22 giờ | 53 giờ |
53 giờ = 1 tuần làm việc. Đó là khác biệt giữa "submit paper trong tháng" và "submit paper trong quarter".
Caveat — KHÔNG dùng workflow này nếu
- Bạn chưa quen RoB 2. AI gen RoB output dạng template, bạn phải verify từng domain. Không hiểu RoB thì không biết check gì.
- Topic của bạn ít literature (<30 paper). Setup Zotero + Project không justify cho 30 paper, đọc tay nhanh hơn.
- Funder yêu cầu PRISMA-compliant search documented đầy đủ. AI screen được nhưng decision log phải transparent — Cochrane chưa accept AI screen như sole reviewer (2026 update).
Workflow tổng
Zotero + AI là Step 2 trong pipeline AI nghiên cứu của mình. Step 1 (NotebookLM screen audio) + Step 3-5 (Discussion draft, citation check, peer review): pillar Workflow AI cho bác sĩ làm nghiên cứu — từ đọc paper đến viết Discussion.
5 prompt template structured (bao gồm prompt extract data Step 4): 5 prompt Claude mình dùng hằng ngày khi đọc paper.
Khoá học
Khoá AI cho nghiên cứu trên tuyentranmd.com có module Module 4 "Literature Synthesis at Scale" — setup Zotero + Claude Project + R metafor end-to-end, case study paper phân tích gộp của mình từ search đến forest plot, plus prompt template RoB 2 + extraction CSV.